fr-643 Que faut-il craindre des nouveaux variants du COVID ?
Auteur(s) : Menahem Bregegere
Contributeur(s) : Ayala Livneh, Irène Rina Fermont
Créé le vendredi 25 juin 2021
Modifié le 25 juin 2021
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Les mutations des virus sont des erreurs dans la réplication de leur matériel génétique. La plupart sont sans conséquences, mais certaines peuvent changer la virulence et la sensibilité du virus à la réponse immunitaire (1).
En septembre 2020 est apparu en Grande Bretagne un variant du COVID-19 à haute virulence, "B.1.1.7". Il s'est rapidement répandu, et il est responsable aujourd'hui de la majorité des nouvelles infections en Israël. Ce variant contient 17 mutations par rapport à la souche originale de Wuhan, dont plusieurs dans le domaine d'affinité du Spike, la région du contact avec la cellule qu'elle infecte. Ces mutations sont susceptibles d'accroître la virulence (4).
Elles sont susceptibles aussi de faire échapper le virus à l'immunité acquise lors d'une primo-infection avec le virus d'origine, ou d'une vaccination. Cependant, des expériences en laboratoire sur le variant B1.1.7 ont montré que le pouvoir neutralisant des antisérums de convalescents du COVID, ou de personnes vaccinées par les vaccins Pfizer ou Moderna, était à peine atténué (5). La protection conférée par les vaccins contre ce variant est donc essentiellement intacte.
Le principal problème posé par B1.1.7 est sa haute transmissibilité, qui accroît la contagion et multiplie le nombre de malades à tous les niveaux de gravité(6). De plus, les autorités de santé évoquent aussi la possibilité d'une plus haute virulence, avec de graves complications observées chez les femmes enceintes, et peut-être aussi chez les enfants,(7) (8). Enfin, des résultats préliminaires suggèrent que ce variant tend à aggraver les symptômes du COVID et à augmenter la mortalité (9).
Un autre variant est apparu en Afrique du Sud en octobre 2020, nommé "501Y.V2". Ce variant a certaines mutations du Spike en commun avec B.1.1.7, ainsi qu'une transmissibilité accrue. Il possède aussi d'autres mutations dans le Spike (8 en tout) (10), qui lui permettent d'échapper partiellement à l'immunité acquise par primo-infection (11). Des études en laboratoire ont montré que des sérums de personnes ayant reçu les vaccins Pfizer ou Moderna neutralisent partiellement des virus portant les mutations de 501.Y.V2, (12) (13). Mais ces résultats ne peuvent pas être extrapolés simplement à la vie réelle, ce qui nous laisse dans l'incertitude quant à l'efficacité de ces vaccins sur le variant.
D'autres variants à transmissibilité accrue sont apparus, notamment le variant brésilien P.1, qui a de nombreux traits communs avec 501.Y.V2 bien qu'il soit apparu indépendamment (14); le variant californien CAL.20C, qui partage des mutations avec B.1.1.7 (15); et probablement d'autres encore, qui n'ont pas encore été caractérisés. Tous ces variants sont déjà présents en Israël, bien que dans des proportions marginales, et ils sont appelés à se répandre dans la période qui vient. Ils constituent donc un défi que nous devrons relever dans un avenir proche.
Pour y parvenir, les vaccins et les mesures de distanciation sociale sont de bons outils. Un atout majeur du vaccin à ARNm est son adaptabilité : les tentatives d'évasion du virus à l'immunité peuvent être contrariées par l'utilisation d'un ARNm où l'on a introduit les mutations des variants. La technique de mutagénèse dirigée permet de réaliser ceci de manière très simple (16). C'est pourquoi Ugur Sahin, PDG de BioNTech, a pu dire qu'il était "capable techniquement de délivrer un nouveau vaccin en six semaines" (17).
La bataille contre la pandémie n'est donc pas terminée. Elle est bien engagée, mais nous n'avons pas encore gagné la guerre.(1) Callaway, E. 2020. Making sense of coronavirus mutations. Nature 585, 174-178. https://www.nature.com/articles/d41586-020-02544-6(2) Starr, T. N., Greaney, A. J., Hilton, S. K., et al. 2020. Deep mutational scanning of SARS-CoV-2 receptor binding domain reveals constraints on folding and ACE2 binding. Cell 182 (5) 1295-1310. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31003-5(3) Du, L., He, Y., Zhou, Y., et al. 2009. The spike protein of SARS CoV – a target for vaccine and therapeutic development. Nature Reviews Microbiology 7, 226-236.(4) Corum, J., Zimmer, C. 2021. Inside the B.1.1.7 coronavirus variant. The New York Times (18/01/2021. https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-mutations-B117-variant.html(5) Muik, A., Wallischn A. K., Sänger, B., et al. 2O21. Neutralization of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 pseudovirus by BNT162b2 vaccine-elicited sera. Science 10.1126/science.abg6105(2021) https://editor.wix.com/html/editor/web/renderer/edit/8b9f47f8-8ecf-47e4-8cab-61de26b3d626?metaSiteId=d6741d34-f839-4f5e-9611-2f6e593f70ec&editorSessionId=3bc5f1ad-252c-409f-9853-72422f80f99e&referralInfo=dashboard(6) Galloway, S. E., Prabasaj, P., Mac Cannel, D. R., et al. 2021. Emergence of SARS-CoV-2 B.1.1.7 Lineage — United States, December 29, 2020–January 12, 2021. CDC – Morbidity and Mortality Weekly Report. https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7003e2.htm(7) Christensen, J. 2021. CDC doesn't know if new Covid-19 variants are causing rare complication in children. CNN Health (27/01/2021) https://edition.cnn.com/2021/01/27/health/new-covid-variant-complications-children-wellness/index.html(8) Jaffe-Hoffman, M. 2021. Coronavirus: Gov't to vote on full closure of airport today. Jerusalem Post (24/01/2021) https://www.jpost.com/health-science/coronavirus-six-pregnant-women-in-serious-condition-have-uk-variant-656461(9) Iacobucci, G. 2021. Covid-19: New UK variant may be linked to increased death rate, early data indicate. British Medical Journal, 372, n230 https://www.bmj.com/content/372/bmj.n230(10) Tegally, H., Wilkinson, E., Giovanetti, M., et al. 2020. Emergence and rapid spread of a new severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2 (SARS-CoV-2) lineage with multiple spike mutations in South Africa. medRxiv Preprint doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.21.20248640(11) Wibmer, C. K., Ayres, F., Hermanus, T., et al. 2021. SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma. bioRxiv Preprint doi:(12) Pfizer. In vitro studies demonstrate Pfizer and BioNTech vaccine elicits antibodies that netralize SARS-CoV-2 with key mutations present in U.K. and South African variants. 27/01/2021. https://www.pfizer.com/news/press-release/press-release-detail/vitro-studies-demonstrate-pfizer-and-biontech-covid-19(13) Moderna Inc. Moderna COVID-19 vaccine retains neutralizing activity against emerging variants first identified in the U.K. and the Republic of South Africa. 25/01/2021. https://investors.modernatx.com/news-releases/news-release-details/moderna-covid-19-vaccine-retains-neutralizing-activity-against/(14) Faria, N., Claro, I. M., Candido, D., et al. 2020. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological.org.(15) Zhang, W., Davis, B. D., Chen, S. S., et al. 2021. Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA. medRxiv Preprint doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.18.21249786 -